Version Differences for How to

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- 1      
       
    + = runCA =  
    + 我們用的asm.spec  
    + '''1'''  
  基本用法 runCA with asm.spec    基本用法 runCA with asm.spec 
  runCA -p asm -d asm -s asm.spec PBcR.viaMiseq.frg > asm.out 2>&1    runCA -p asm -d asm -s asm.spec PBcR.viaMiseq.frg > asm.out 2>&1 
       
       
- 2   + '''2'''  
  web 提供，RunCA with parameters，有指定merSize=14:    web 提供，RunCA with parameters，有指定merSize=14: 
  runCA unitigger=bogart merSize=14 ovlMinLen=2000 utgErrorRate=0.015 utgGraphErrorRate=0.015     runCA unitigger=bogart merSize=14 ovlMinLen=2000 utgErrorRate=0.015 utgGraphErrorRate=0.015  
  utgGraphErrorLimit=0 utgMergeErrorRate=0.03 utgMergeErrorLimit=0 -p asm -d asm asm.overCov.frg    utgGraphErrorLimit=0 utgMergeErrorRate=0.03 utgMergeErrorLimit=0 -p asm -d asm asm.overCov.frg 
       
- 3   + '''3'''  
  Paper Script提供(asmCorrected.sh), RunCA with asm.spec and parameters：    Paper Script提供(asmCorrected.sh), RunCA with asm.spec and parameters： 
  照asmCorrected.sh上面的順序不會work，後來依照runCA 指令說明去放=> usage: runCA -d <dir> -p <prefix> [options] <frg> 就ok了。    照asmCorrected.sh上面的順序不會work，後來依照runCA 指令說明去放=> usage: runCA -d <dir> -p <prefix> [options] <frg> 就ok了。