Version Differences for SCA

{| {{table}} border="1"

| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Statistics without reference '''

+

| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''All Data'''

| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''4 SMRT cells : 1st Set'''

| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''4 SMRT cells : 2nd Set'''

| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''8 SMRT cells : 2nd Set'''

| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''8 SMRT cells : 3rd Set'''

-

| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''17 SMRT cells'''

|-

-

|# contigs||1||1||5||2||2||1||4||1||2||1

+

|# contigs||1||1||1||5||2||2||1||4||1||2

|-

-

|Largest contig||4 647 117||4 648 057||3 447 068||3 749 516||2 770 859||4 649 699||1 679 082||4 649 323||4 189 785||4 651 604

+

|Largest contig||4 651 604||4 647 117||4 648 057||3 447 068||3 749 516||2 770 859||4 649 699||1 679 082||4 649 323||4 189 785

|-

-

|Total length||4 647 117||4 648 057||4 661 453||4 645 941||4 657 272||4 649 699||4 655 949||4 649 323||4 652 482||4 651 604

+

|Total length||4 651 604||4 647 117||4 648 057||4 661 453||4 645 941||4 657 272||4 649 699||4 655 949||4 649 323||4 652 482

|-

-

|N50||4 647 117||4 648 057||3 447 068||3 749 516||2 770 859||4 649 699||1 159 845||4 649 323||4 189 785||4 651 604

+

|N50||4 651 604||4 647 117||4 648 057||3 447 068||3 749 516||2 770 859||4 649 699||1 159 845||4 649 323||4 189 785

|-

| style="background:#f0f0f0;"| '''Misassemblies'''||||||||||||||||||||

-

|# misassemblies||7||8||7||7||10||10||6||10||8||9

+

|# misassemblies||9||7||8||7||7||10||10||6||10||8

|-

-

|Misassembled contigs length ||4 647 117||4 648 057||3 447 068||6 645 941||4 657 272||4 649 699||2 143 406||4 649 323||4 189 785||4 651 604

+

|Misassembled contigs length ||4 651 604||4 647 117||4 648 057||3 447 068||6 645 941||4 657 272||4 649 699||2 143 406||4 649 323||4 189 785

|-

| style="background:#f0f0f0;"| '''Mismatches'''||||||||||||||||||||

-

|# mismatches per 100kbp||1.03||0.69||0.78||0.69||0.56||0.58||0.75||0.86||0.75||0.34

+

|# mismatches per 100kbp||0.34||1.03||0.69||0.78||0.69||0.56||0.58||0.75||0.86||0.75

|-

-

|# indels per 100kbp||7.65||5.78||5.78||1.88||2.89||1.75||1.62||2||2.65||0.65

+

|# indels per 100kbp||0.65||7.65||5.78||5.78||1.88||2.89||1.75||1.62||2||2.65

|-

-

|# N's per 100kbp ||0.02||0||0||0||0||0||0||0.02||0||0

+

|# N's per 100kbp ||0||0.02||0||0||0||0||0||0||0.02||0

|-

| style="background:#f0f0f0;"| '''Genome Statistics'''||||||||||||||||||

-

|Genome fraction(%) ||100||100||99.949||99.956||100||100||99.959||100||99.993||100

+

|Genome fraction(%) ||100||100||100||99.949||99.956||100||100||99.959||100||99.993

|-

-

|Duplication ratio ||1.002||1.002||1.005||1.002||1.005||1.002||1.004||1.002||1.003||1.003

+

|Duplication ratio ||1.003||1.002||1.002||1.005||1.002||1.005||1.002||1.004||1.002||1.003

|-

-

|# genes ||4494+3 part||4494+3 part||4490+5 part||4491+2 part||4495+2 part||4494+3 part||4489+6 part||4494+3 part||4493+4 part||4494+3 part

+

|# genes ||4494+3 part||4494+3 part||4494+3 part||4490+5 part||4491+2 part||4495+2 part||4494+3 part||4489+6 part||4494+3 part||4493+4 part

|-

-

|NGA50 ||1 428 636||1 432 247||983 650||1 552 642||873 232||2 995 552||1 062 313||2 956 338||1 207 192||1 207 212

+

|NGA50 ||1 207 212||1 428 636||1 432 247||983 650||1 552 642||873 232||2 995 552||1 062 313||2 956 338||1 207 192

|-

| style="background:#f0f0f0;"| '''Running Time'''||||||||||||||||||||

-

|PacBioToCA||4hr 58m||5hr 48m||5hr 10m||11hr 09m||9hr 34m||10hr 47m||21hr 06m||22hr 05m||21hr 23m||48hr 16m

+

|PacBioToCA||48hr 16m||4hr 58m||5hr 48m||5hr 10m||11hr 09m||9hr 34m||10hr 47m||21hr 06m||22hr 05m||21hr 23m

|-

-

|runCA||15hr 22m||13hr 50m||11hr 20m||12hr 38m||11hr 44m||13hr 48m||11hr 37m||14hr 36m||13hr 40m||15hr 48m

+

|runCA||15hr 48m||15hr 22m||13hr 50m||11hr 20m||12hr 38m||11hr 44m||13hr 48m||11hr 37m||14hr 36m||13hr 40m

|-

-

|Total||20hr 20m||19hr 38m||16hr 30m||23hr 47m||21hr 18m||24hr 35m||32hr 43m||36hr 41m||25hr 03m||64hr 04m

+

|Total||64hr 04m||20hr 20m||19hr 38m||16hr 30m||23hr 47m||21hr 18m||24hr 35m||32hr 43m||36hr 41m||25hr 03m

|}

 {| {{table}} border="1"
 | align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Statistics without reference '''
 								| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''All Data'''
 | align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''4 SMRT cells : 1st Set'''
 | align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''4 SMRT cells : 2nd Set'''
 | align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''8 SMRT cells : 2nd Set'''
 | align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''8 SMRT cells : 3rd Set'''
-								| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''17 SMRT cells'''
 |-
-								|# contigs||1||1||5||2||2||1||4||1||2||1
+								|# contigs||1||1||1||5||2||2||1||4||1||2
 |-
-								|Largest contig||4 647 117||4 648 057||3 447 068||3 749 516||2 770 859||4 649 699||1 679 082||4 649 323||4 189 785||4 651 604
+								|Largest contig||4 651 604||4 647 117||4 648 057||3 447 068||3 749 516||2 770 859||4 649 699||1 679 082||4 649 323||4 189 785
 |-
-								|Total length||4 647 117||4 648 057||4 661 453||4 645 941||4 657 272||4 649 699||4 655 949||4 649 323||4 652 482||4 651 604
+								|Total length||4 651 604||4 647 117||4 648 057||4 661 453||4 645 941||4 657 272||4 649 699||4 655 949||4 649 323||4 652 482
 |-
-								|N50||4 647 117||4 648 057||3 447 068||3 749 516||2 770 859||4 649 699||1 159 845||4 649 323||4 189 785||4 651 604
+								|N50||4 651 604||4 647 117||4 648 057||3 447 068||3 749 516||2 770 859||4 649 699||1 159 845||4 649 323||4 189 785
 |-
 | style="background:#f0f0f0;"| '''Misassemblies'''||||||||||||||||||||
-								|# misassemblies||7||8||7||7||10||10||6||10||8||9
+								|# misassemblies||9||7||8||7||7||10||10||6||10||8
 |-
-								|Misassembled contigs length ||4 647 117||4 648 057||3 447 068||6 645 941||4 657 272||4 649 699||2 143 406||4 649 323||4 189 785||4 651 604
+								|Misassembled contigs length ||4 651 604||4 647 117||4 648 057||3 447 068||6 645 941||4 657 272||4 649 699||2 143 406||4 649 323||4 189 785
 |-
 | style="background:#f0f0f0;"| '''Mismatches'''||||||||||||||||||||
-								|# mismatches per 100kbp||1.03||0.69||0.78||0.69||0.56||0.58||0.75||0.86||0.75||0.34
+								|# mismatches per 100kbp||0.34||1.03||0.69||0.78||0.69||0.56||0.58||0.75||0.86||0.75
 |-
-								|# indels per 100kbp||7.65||5.78||5.78||1.88||2.89||1.75||1.62||2||2.65||0.65
+								|# indels per 100kbp||0.65||7.65||5.78||5.78||1.88||2.89||1.75||1.62||2||2.65
 |-
-								|# N's per 100kbp ||0.02||0||0||0||0||0||0||0.02||0||0
+								|# N's per 100kbp ||0||0.02||0||0||0||0||0||0||0.02||0
 |-
 | style="background:#f0f0f0;"| '''Genome Statistics'''||||||||||||||||||
-								|Genome fraction(%) ||100||100||99.949||99.956||100||100||99.959||100||99.993||100
+								|Genome fraction(%) ||100||100||100||99.949||99.956||100||100||99.959||100||99.993
 |-
-								|Duplication ratio ||1.002||1.002||1.005||1.002||1.005||1.002||1.004||1.002||1.003||1.003
+								|Duplication ratio ||1.003||1.002||1.002||1.005||1.002||1.005||1.002||1.004||1.002||1.003
 |-
-								|# genes ||4494+3 part||4494+3 part||4490+5 part||4491+2 part||4495+2 part||4494+3 part||4489+6 part||4494+3 part||4493+4 part||4494+3 part
+								|# genes ||4494+3 part||4494+3 part||4494+3 part||4490+5 part||4491+2 part||4495+2 part||4494+3 part||4489+6 part||4494+3 part||4493+4 part
 |-
-								|NGA50 ||1 428 636||1 432 247||983 650||1 552 642||873 232||2 995 552||1 062 313||2 956 338||1 207 192||1 207 212
+								|NGA50 ||1 207 212||1 428 636||1 432 247||983 650||1 552 642||873 232||2 995 552||1 062 313||2 956 338||1 207 192
 |-
 | style="background:#f0f0f0;"| '''Running Time'''||||||||||||||||||||
-								|PacBioToCA||4hr 58m||5hr 48m||5hr 10m||11hr 09m||9hr 34m||10hr 47m||21hr 06m||22hr 05m||21hr 23m||48hr 16m
+								|PacBioToCA||48hr 16m||4hr 58m||5hr 48m||5hr 10m||11hr 09m||9hr 34m||10hr 47m||21hr 06m||22hr 05m||21hr 23m
 |-
-								|runCA||15hr 22m||13hr 50m||11hr 20m||12hr 38m||11hr 44m||13hr 48m||11hr 37m||14hr 36m||13hr 40m||15hr 48m
+								|runCA||15hr 48m||15hr 22m||13hr 50m||11hr 20m||12hr 38m||11hr 44m||13hr 48m||11hr 37m||14hr 36m||13hr 40m
 |-
-								|Total||20hr 20m||19hr 38m||16hr 30m||23hr 47m||21hr 18m||24hr 35m||32hr 43m||36hr 41m||25hr 03m||64hr 04m
+								|Total||64hr 04m||20hr 20m||19hr 38m||16hr 30m||23hr 47m||21hr 18m||24hr 35m||32hr 43m||36hr 41m||25hr 03m
 |}